Salut Znuf!
Alors d'expérience le mieux c'est de loger dans les Ryokan (maison d'hôte, super traditionnelles). Y en a pour tous les budgets partout au japon et c'est assez facile de réserver sur internet avant de partir pour plus de sécurité (certains sites d'associations américaines s'occupent de tout pour toi, gratuitement en appelant même les auberges pour vérifier les dispo).
Après faut que tu te prennes un pass pour les transports, par contre les pass sont à acheter avant de partir a priori dans un agence de voyage, car il sont réservés aux étrangers.